אחסון נתונים רפואיים באמצעות Google Cloud המסוף

בדף הזה מוסבר איך משתמשים ב-Cloud Healthcare API וב Google Cloud מסוף כדי לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מערך נתונים של Cloud Healthcare API.
  2. יוצרים אחד ממאגרי הנתונים הבאים בתוך מערך הנתונים:
    • מאגר Digital Imaging and Communications in Medicine ‏ (DICOM)
    • מאגר Fast Healthcare Interoperability Resources‏ (FHIR)
    • מאגר Health Level Seven International Version 2‏ (HL7v2)
  3. אחסון נתוני DICOM או FHIR, והצגת התוכן של משאבי FHIR.

אם אתם רוצים לעבוד רק עם סוג אחד של מאגר נתונים, אתם יכולים לדלג ישירות לקטע הזה במדריך לתחילת העבודה אחרי שתשלימו את השלבים בקטע לפני שמתחילים ובקטע יצירת מערך נתונים.

לחצו על תראו לי איך כדי לקרוא הסבר מפורט על המשימה ישירות במסוף Google Cloud :

תראו לי איך

לפני שמתחילים

  1. נכנסים לחשבון Google Cloud . אם אתם משתמשים חדשים ב- Google Cloud, צרו חשבון כדי שתוכלו להעריך את הביצועים של המוצרים שלנו בתרחישים מהעולם האמיתי. לקוחות חדשים מקבלים בחינם גם קרדיט בשווי 300$ להרצה, לבדיקה ולפריסה של עומסי העבודה.

  2. In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

    Roles required to select or create a project

    • Select a project: Selecting a project doesn't require a specific IAM role—you can select any project that you've been granted a role on.
    • Create a project: To create a project, you need the Project Creator role (roles/resourcemanager.projectCreator), which contains the resourcemanager.projects.create permission. Learn how to grant roles.

    Go to project selector

  3. Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.

  4. In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

    Roles required to select or create a project

    • Select a project: Selecting a project doesn't require a specific IAM role—you can select any project that you've been granted a role on.
    • Create a project: To create a project, you need the Project Creator role (roles/resourcemanager.projectCreator), which contains the resourcemanager.projects.create permission. Learn how to grant roles.

    Go to project selector

  5. Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.

  6. מפעילים את Cloud Healthcare API.

    תפקידים שנדרשים להפעלת ממשקי API

    כדי להפעיל ממשקי API, צריך את תפקיד ה-IAM 'אדמין של Service Usage' (roles/serviceusage.serviceUsageAdmin), שכולל את ההרשאה serviceusage.services.enable. איך מקצים תפקידים

    להפעלת ה-API

יצירת מערך נתונים

מערכי נתונים מכילים מאגרי נתונים, ומאגרי נתונים מכילים נתונים בתחום הבריאות. כדי להשתמש ב-Cloud Healthcare API, צריך ליצור לפחות מערך נתונים אחד.

  1. במסוף Google Cloud , לוחצים על Healthcare כדי לעבור לדף Datasets.

    כניסה לדף Browser

  2. לוחצים על יצירת מערך נתונים.

  3. בשדה Name, מזינים my-dataset.

  4. בשדה אזור, לוחצים על us-central1 ואז על יצירה.

מערך הנתונים החדש מופיע ברשימת מערכי הנתונים בדפדפן.

כדי להשלים את המדריך למתחילים הזה, בוחרים באחד מהקטעים הבאים:

אחסון מופע DICOM

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מאגר DICOM.
  2. ייבוא מופע DICOM אל מאגר DICOM.

ב-Cloud Healthcare API מיושם התקן DICOMweb לאחסון נתונים של הדמיה רפואית ולגישה אליהם. מסוף Google Cloud לא תומך בעסקאות DICOMweb, כמו צפייה במופעים או אחזור שלהם.

יצירת מאגר DICOM

  1. במסוף Google Cloud , עוברים לדף Browser של Cloud Healthcare API:

    כניסה לדף Browser

  1. לוחצים על מערך הנתונים my-dataset.

  2. לוחצים על יצירת מאגר נתונים.

  3. בתפריט סוג, בוחרים באפשרות DICOM.

  4. בשדה ID, מזינים את הערך my-dicom-store.

  5. לוחצים על יצירה.

מאגר DICOM מוצג בדף מאגרי נתונים בקבוצת הנתונים my-dataset.my-dicom-store

ייבוא של מופע DICOM

נתוני DICOM לדוגמה זמינים בgs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xrayקטגוריה של Cloud Storage.

  1. ברשימת מאגרי הנתונים במערך הנתונים, מחפשים את מאגר ה-DICOM שיצרתם ובוחרים בתפריט פעולות.

  2. לוחצים על ייבוא.

  3. בדף Import to DICOM store, בוחרים בתפריט Advanced options ואז באפשרות Override Cloud Storage path.

  4. בשדה מיקום בתפריט אפשרויות מתקדמות, מזינים את המיקום הבא של מופע DICOM שאתם מייבאים:

    gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

  5. לוחצים על ייבוא.

  6. כדי לעקוב אחרי סטטוס הייבוא, לוחצים על הכרטיסייה פעולות.

    אם נתקלים בשגיאות, לוחצים על פעולות ואז על הצגת הפרטים ב-Cloud Logging.

אחרי שמאחסנים מופע DICOM ב-Cloud Healthcare API, אפשר להמשיך אל השלבים הבאים כדי לקבל מידע על השלבים הבאים, כמו חיפוש או אחזור של תמונות DICOM.

אחסון משאבי FHIR והצגתם

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מאגר FHIR.
  2. ייבוא משאבי FHIR למאגר FHIR.
  3. צפייה בנתונים של משאבי FHIR.

‫Cloud Healthcare API מטמיע את מפרט FHIR כדי לאחסן נתוני FHIR ולגשת אליהם. Google Cloud המסוף לא תומך בשיטות מסוימות של FHIR API, כמו יצירה או מחיקה של משאבי FHIR, אבל אפשר להשתמש בכלי לצפייה ב-FHIR כדי לראות את התוכן של משאבי FHIR.

יצירת מאגר FHIR

  1. לוחצים על דפדפן כדי לעבור לדף מערכי נתונים.

  2. לוחצים על מערך הנתונים my-dataset.

  3. לוחצים על יצירת מאגר נתונים.

  4. בתפריט סוג, בוחרים באפשרות FHIR.

  5. בשדה ID, מזינים את הערך my-fhir-store.

  6. כדי לפתוח את הקטע Configure your FHIR store, לוחצים על Next.

  7. לוחצים על R4.

  8. לוחצים על יצירה.

מאגר ה-FHIR מוצג בדף מאגרי נתונים במערך הנתונים my-dataset.my-fhir-store

ייבוא משאבי FHIR

נתוני FHIR לדוגמה זמינים בקטגוריה gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patientsCloud Storage. הקטגוריה מכילה ספרייה, fhir_r4_ndjson/, שמכילה כמה סוגים של משאבי FHIR.

  1. ברשימת מאגרי הנתונים במערך הנתונים, מחפשים את מאגר הנתונים my-fhir-store FHIR שיצרתם, ואז בוחרים בתפריט פעולות.

  2. לוחצים על ייבוא.

  3. לוחצים על התפריט אפשרויות מתקדמות ואז על החלפת הנתיב של Cloud Storage.

  4. בשדה מיקום בתפריט אפשרויות מתקדמות, מזינים את המיקום הבא של משאבי ה-FHIR שאתם מייבאים:

    gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson

  5. בקטע FHIR import settings (הגדרות ייבוא FHIR), בוחרים באפשרות Resource (משאב).

  6. לוחצים על ייבוא.

  7. כדי לעקוב אחרי סטטוס הייבוא, לוחצים על הכרטיסייה פעולות.

    אם נתקלים בשגיאות, לוחצים על פעולות ואז על הצגת הפרטים ב-Cloud Logging.

צפייה בתוכן של משאב FHIR

  1. נכנסים לדף FHIR viewer במסוף Google Cloud .

    מעבר לכלי לצפייה ב-FHIR

  1. בתפריט הנפתח FHIR store, בוחרים את מערך הנתונים my-dataset ואז בוחרים את מאגר ה-FHIR‏ my-fhir-store.

  2. לוחצים על השדה סוג המשאב. בתפריט הנפתח מאפיינים שמופיע, בוחרים באפשרות סוג משאב ומזינים מטופל.

  3. לוחצים על Patient (מטופל) ברשימה Resource type (סוג המשאב).

  4. בוחרים באחד ממקורות המידע על המטופל שמופיעים. כדי לראות מידע נוסף על משאב המטופל, לוחצים על הכרטיסייה Elements או על הכרטיסייה JSON כדי לראות את פרטי משאב המטופל בפורמט JSON.

אחרי שאחסנתם משאב FHIR והצגתם אותו ב-Cloud Healthcare API, תוכלו להמשיך אל השלבים הבאים כדי לקבל מידע על השלבים הבאים.

שמירת הודעות של HL7v2

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מאגר HL7v2.
  2. ייבוא הודעות HL7v2 למאגר HL7v2.

יצירת מאגר HL7v2

חנויות HL7v2 נמצאות בתוך מערכי נתונים ומכילות הודעות HL7v2.

  1. לוחצים על דפדפן כדי לעבור לדף מערכי נתונים.

  2. לוחצים על מערך הנתונים my-dataset.

  3. לוחצים על יצירת מאגר נתונים.

  4. בתפריט סוג, בוחרים באפשרות HL7v2.

  5. בשדה ID, מזינים את הערך my-hl7v2-store.

  6. לוחצים על יצירה.

החנות ב-HL7v2 מוצגת בדף מאגרי נתונים במערך הנתונים my-dataset.my-hl7v2-store

ייבוא הודעות של HL7v2

הודעות לדוגמה של HL7v2 זמינות בgs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson.

  1. ברשימת מאגרי הנתונים במערך הנתונים, מחפשים את מאגר הנתונים ב-HL7v2 שיצרתם ובוחרים בתפריט פעולות.

  2. לוחצים על ייבוא.

  3. בדף Import to HL7v2 store, לוחצים על התפריט Advanced options ואז על Override Cloud Storage path.

  4. בשדה מיקום בתפריט אפשרויות מתקדמות, מזינים את המיקום הבא של הודעות HL7v2 שאתם מייבאים:

    gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

  5. לוחצים על ייבוא.

  6. כדי לעקוב אחרי סטטוס הייבוא, לוחצים על הכרטיסייה פעולות.

    אם נתקלים בשגיאות, לוחצים על פעולות ואז על הצגת הפרטים ב-Cloud Logging.

אחרי שיוצרים מאגר HL7v2, אפשר להמשיך אל השלבים הבאים כדי לקבל מידע על השלבים הבאים, כמו איך להטמיע ולהציג הודעות HL7v2.

הסרת המשאבים

כדי לא לצבור חיובים לחשבון Google Cloud על המשאבים שבהם השתמשתם בדף הזה, פועלים לפי השלבים הבאים:

אם אתם לא צריכים יותר את מערך הנתונים ואת מאגר הנתונים שנוצרו בתחילת העבודה המהירה הזו, אתם יכולים למחוק את מערך הנתונים. מחיקה של מערך נתונים מוחקת אותו באופן סופי, וגם את כל החנויות בפורמטים FHIR, ‏ HL7v2 או DICOM שהוא מכיל.

כדי למחוק קבוצת נתונים:

  1. לוחצים על דפדפן כדי לעבור לדף מערכי נתונים.
  2. לצד מערך הנתונים, לוחצים על פעולות ואז על מחיקה.
  3. מאשרים את המחיקה.

אפשר גם למחוק את הפרויקט שיצרתם.

המאמרים הבאים

בקטעים הבאים מופיע מידע כללי על Cloud Healthcare API ועל אופן ביצוע משימות באמצעות בקשות HTTP ו-Google Cloud CLI:

DICOM

כדאי לעיין במדריך DICOM כדי לקרוא על נושאים כמו:

בהצהרת התאימות ל-DICOM מוסבר איך Cloud Healthcare API מיישם את תקן DICOMweb.

FHIR

כדי לקרוא על נושאים כמו אלה שמופיעים בהמשך, אפשר לעבור אל המדריך ל-FHIR:

בהצהרת התאימות ל-FHIR מוסבר איך Cloud Healthcare API מיישם את תקן FHIR.

HL7v2

אפשר להמשיך אל המדריך ל-HL7v2 כדי לקרוא נושאים כמו: