בדף הזה מוסבר איך להסיר את הפרטים המזהים מנתוני DICOM ולכתוב מטא-נתונים על פעולת הסרת הפרטים המזהים ועל הנתונים שהוסרו, בחנות FHIR. המטא-נתונים מאוחסנים במשאבי Provenance של FHIR בחנות FHIR. לאחר מכן תוכלו להריץ שאילתות על הנתונים באמצעות חיפושים מותאמים אישית ב-FHIR כדי לענות על שאלות כמו:
- מה עבר הסרת פרטים מזהים?
- איך ולמה הנתונים עברו דה-אינדטיפיקציה?
- מתי התרחשה פעולת הסרת הפרטים המזהים, וכמה זמן היא נמשכה?
לפני שמתחילים
שימוש ב-FHIR במקום בהערות
Cloud Healthcare API כולל Annotations API שבעזרתו אפשר להוסיף הערות לנתונים שעברו הסרת פרטים מזהים.
הכתיבה של מטא-נתונים של פעולת הסרת פרטים מזהים בחנות FHIR פועלת באופן דומה, ויש לה את היתרונות הבאים:
- לא צריך להשתמש ב-API של ההערות, שהוא API נפרד.
- אתם לא צריכים ליצור ולנהל מאגרי הערות ורשומות הערות.
- אתם יכולים להמשיך לעבוד עם תקן FHIR ועם Cloud Healthcare API FHIR API.
- אתם יכולים לייצא את משאבי ה-FHIR ל-BigQuery כדי לבצע ניתוח וחיפוש. הנתונים שנוצרים תואמים רק ל-
LOSSLESSאו ל-ANALYTICS_V2SchemaType.- אתם יכולים להזרים שינויים במשאבי FHIR ל-BigQuery כדי לסנכרן את הנתונים במאגר FHIR עם מערך נתונים ב-BigQuery כמעט בזמן אמת.
- מידע נוסף על מטא-נתונים של פעולת הסרת הפרטים המזהים
דרישות
מאגר ה-FHIR שמכיל את המטא-נתונים של פעולת הסרת הפרטים המזהים צריך לעמוד בדרישות הבאות:
- חייב להיות קיים.
- חייב להיות מאגר FHIR בגרסה R4.
- חובה להגדיר את הערך
trueבמאפייןenableUpdateCreate.
משאבי Provenance בחנות FHIR של מטא-נתונים של פעולות
כשמריצים פעולה לביטול הזיהוי של נתוני DICOM, משאבי Provenance הבאים נכתבים בחנות FHIR של מטא-נתוני הפעולה:
משאב Provenance שמסכם את פעולת הסרת הפרטים המזהים, כמו שם הפעולה הממושכת, מתי הפעולה התרחשה ואיזו הגדרה הייתה בשימוש. רשימת השדות במשאב Provenance הזה מופיעה במאמר מטא-נתונים של פעולת הסרת פרטים מזהים במשאב Provenance.
משאב Provenance לכל מופע DICOM שעבר הסרת פרטים מזהים. רשימת השדות במשאב הזה של Provenance מופיעה במאמר מטא-נתונים של הסרת פרטים מזהים ב-DICOM במשאב Provenance.
- המשאב מכיל מידע על מה שעבר הסרת פרטים מזהים, כמו תג DICOM או חלק מתמונה בפורמט DICOM, ועל הפעולות שבוצעו, כמו אם המידע צונזר, עבר שינוי או התעלמות.
יכול להיות שהמשאב מכיל נתונים שעברו הסרת פרטים מזהים ועובדו באמצעות זיהוי תווים אופטי (OCR), שנכללים בהיקף של מידע בריאותי מוגן (PHI).
הטקסט שעבר הסרת פרטים מזהים, או
quote, מופיע עם סוג המידע, אוinfoType, והסבירות למציאת המידע, אוconfidence. לדוגמה, אם תמונה בפורמט DICOM שמכילה את הטקסט המוטבעJohn Doeעוברת הסרת פרטים מזהים, משאב ה-Provenance יכיל את הערךquoteשמוגדר כ-John Doe, את הערךinfoTypeשמוגדר כ-PERSON_NAME, ואת הערךconfidenceשמוגדר כערך בין 0 ל-1.המטא-נתונים של ביטול הזיהוי ב-DICOM נוצרים רק אם קוראים לשיטה
dicomStores.deidentifyעם הערךImageConfig.textRedactionModeשמוגדר ל-REDACT_SENSITIVE_TEXTאו ל-REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS. אם מגדירים אתREDACT_ALL_TEXT, השיטה יוצרת טקסט ללא פרטי זיהוי כמחרוזת אחת בשדהextracted-text. המחרוזת לא מכילה פילוח. האסימונים מופרדים ברווחים.
הסרת פרטים מזהים ממטא-נתונים של פעולה במשאב Provenance
בטבלה הבאה מופיע תיאור של המטא-נתונים בפעולת ביטול הזיהוי והשדה המתאים במטא-נתונים שבו אפשר למצוא אותם במשאב Provenance. התאים בשדה 'משאב מקור' מכילים ערכים לדוגמה שנועדו להמחשה.
| תיאור המטא-נתונים | שדה משאב המקור |
|---|---|
| מזהה משאב של מקור | Provenance.id |
| מתי התחיל תהליך הסרת הפרטים המזהים | Provenance.occurredDateTime |
| חותמת זמן של יצירת משאב המקור | Provenance.recorded |
| שם הפעולה הממושכת של הסרת פרטי הזיהוי |
Provenance.agent.who: {
"identifier": {
"system": "https://g.co/healthcare/operation"
"value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}
}
|
| מקור לאחסון DICOM |
Provenance.entity.role: "SOURCE"
Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID"
|
| מאגר DICOM של היעד | Provenance.target.type.value |
הערך DeidentifyConfig בשימוש |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/deidentify-config',
valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage
}]
|
מטא-נתונים של הסרת פרטי הזיהוי ב-DICOM במשאב Provenance
בטבלה הבאה מופיע תיאור של המטא-נתונים במופע DICOM שעבר הסרת פרטים מזהים, והשדה התואם של המטא-נתונים במשאב Provenance. התאים בשדה 'משאב מקור' מכילים ערכים לדוגמה שנועדו להמחשה.
| תיאור המטא-נתונים | שדה משאב המקור |
|---|---|
| קישור למשאב של פעולת הסרת הפרטים המזהים | Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"} |
| חותמת זמן של יצירת משאב המקור | Provenance.recorded |
| נתיב REST של מופע DICOM המקור |
Provenance.entity.role: SOURCE
Provenance.entity.what.identifier.value
|
| נתיב REST של מופע DICOM של היעד | Provenance.target.type.value |
| גודל תמונת DICOM |
Provenance.entity.extension: [
{
url: 'https://g.co/WIDTH',
valueDecimal: WIDTH
},
url: 'https://g.co/HEIGHT',
valueDecimal: HEIGHT
}
]
|
| גודל מובנה |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE',
valueDecimal: VALUE,
}]
|
| הערות לתמונות DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES',
extension: [
{ FRAME_0
},
{ FRAME_1
},
...
]
}]
|
| הערה על פריים ב-DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [
{
url: 'frame-index',
valueDecimal: 0,
extension: [
{
url: 'left',
valueDecimal: LEFT_VALUE
},
{
url: 'right',
valueDecimal: RIGHT_VALUE
},
{
url: 'top',
valueDecimal: TOP_VALUE
},
{
url: 'bottom',
valueDecimal: BOTTOM_VALUE
},
{
url: 'relative-left',
valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-right',
valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT
},
{
url: 'relative-top',
valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-bottom',
valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT
}
]
}
]
|
| הערה על פריים ב-DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or
// REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "quote", // The PHI text de-identified
"valueString": "John Doe"
},
{
"url": "infoType", // The type of the de-identified text
"valueString": "PERSON_NAME"
},
{
"url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType
"valueDecimal": 0.7
}
]
|
| הערה על פריים ב-DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_ALL_TEXT
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "extracted-text", // The entire PHI text de-identified
"valueString": "John Doe 27-Jan-1999 Sex:M"
}
]
|
| הערות על כל תגי ה-DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/dicom-tags',
extension: [
{ // tag (0002,0000)
},
{ // tag (0002,0001)
},
...
]
}]
|
| הערה לגבי תג DICOM ספציפי |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [
{
url: 'tag-id',
valueString: '00080012',
extension: [
{
url: 'byte-start',
valueDecimal: 10
},
{
url: 'byte-end',
valueDecimal: 18
},
{
url: 'finding-infotype',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'text-original',
valueString: 'John Doe'
},
{
url: 'text-replaced',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'deidentify-action',
valueString: 'REMOVED'
// Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID",
// "RESET", "CLEANED", and "RECURSED"
},
{
url: 'deidentify-reason',
valueString: 'Matched VALUE'
// Possible values include "ID", "VR", or "Expression",
// for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID"
}
]
}
]
|
דוגמאות
לפני שמתחילים
לפני שמריצים את אחת מהדוגמאות הבאות, צריך לוודא שיש לכם את התפקיד roles/healthcare.fhirResourceEditor במאגר FHIR של מטא-נתונים של פעולות. צריך את התפקיד הזה כדי לכתוב למאגר FHIR של מטא-נתונים של פעולות.
הסרת פרטים מזהים מנתוני DICOM, כתיבה למאגר FHIR וחיפוש משאבי Provenance
לפני שמריצים את הדוגמה הזו, צריך לבצע את השלבים הבאים:
- יוצרים מערך נתונים של מקור שמכיל מאגר DICOM עם לפחות מופע DICOM אחד שצריך להסיר ממנו את הפרטים המזהים.
- יוצרים מערך נתונים ליעד שמכיל מאגר DICOM ריק ומאגר FHIR ריק. מאגר FHIR צריך לעמוד בדרישות.
הדוגמה הזו היא הרחבה של שילוב של הסרת פרטים מזהים בתג וטשטוש טקסט שמוטבע בסרטון. בדוגמה הזו, הסרת הפרטים המזהים מתבצעת בחנות DICOM אחת, והנתונים שעברו הסרת פרטים מזהים נכתבים בחנות DICOM חדשה. מאגר ה-FHIR של מטא-נתוני הפעולות נמצא באותו מערך נתונים כמו מאגר ה-DICOM החדש.
בדוגמה הזו נעשה שימוש בשני מופעי DICOM. המקרים לא מסופקים לכם, ולכן התשובות לדוגמה לא יהיו זהות לנתונים שעברו הסרת פרטים מזהים.
הסרת פרטי הזיהוי מנתוני DICOM.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים שמכיל את מאגר ה-DICOM של המקור
- SOURCE_DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר DICOM של המקור
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: המזהה של מאגר DICOM שמכיל את הנתונים שרוצים להסיר מהם את הפרטים המזהים
- DESTINATION_DATASET_ID: מערך נתונים קיים שמכיל את חנות ה-FHIR של פעולת המטא-נתונים, ושבו תיווצר חנות ה-DICOM שעברה הסרת פרטים מזהים
- DESTINATION_DICOM_STORE_ID: מאגר DICOM שבו ייכתבו נתונים שעברו הסרת פרטים מזהים ממאגר DICOM המקורי
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: מאגר FHIR שבו ייכתבו מטא-נתונים של פעולת הסרת הפרטים המזהים
תוכן בקשת JSON:
{ "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
התגובה היא: התשובה מכילה מזהה של פעולה ממושכת. פעולות ממושכות מוחזרות כשקריאות לשיטות עשויות להימשך זמן רב. שימו לב לערך של OPERATION_ID. תצטרכו את הערך הזה בשלב הבא.curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand Contentקבלת הסטטוס של הפעולה.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים
- SOURCE_DATASET_ID: מערך הנתונים שבו פועלת פעולת הסרת הפרטים המזהים
- OPERATION_ID: המזהה של פעולת הסרת הפרטים המזהים
כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
מריצים את הפקודה הבאה:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
מריצים את הפקודה הבאה:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
פותחים את דף העזר של ה-method. החלונית של API Explorer תיפתח בצד שמאל של הדף. אפשר להשתמש בכלי הזה כדי לשלוח בקשות. ממלאים את כל שדות החובה ולוחצים על Execute.
אתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
אחרי שמבטלים את הזיהוי של נתוני DICOM וכותבים את המטא-נתונים של הפעולה במאגר FHIR, אפשר לראות את משאבי המקור במאגר FHIR.
כדי להציג את משאבי ה-Provenance, משתמשים ב-method
fhir.search.לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
התשובה הבאה היא תוצאה של הסרת פרטים מזהים משני מקרים של DICOM. הפעולה לביטול השיוך של פרטים מזהים יצרה את שלושת משאבי המקור הבאים:curl
מריצים את הפקודה הבאה:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"PowerShell
מריצים את הפקודה הבאה:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content- משאב Provenance אחד לכל אחד משני מופעי DICOM
- משאב Provenance אחד לפעולת הסרת פרטי הזיהוי
אחסון נתוני דוגמה, יצירת חיפוש FHIR מותאם אישית עם קואורדינטת x יחסית ושאילתה
לפני שמריצים את הדוגמה הזו, צריך ליצור קבוצת נתונים של יעד שמכילה מאגר DICOM ריק ומאגר FHIR ריק. מאגר FHIR צריך לעמוד בדרישות.
בדוגמה הבאה מוצג איך אפשר לאחסן את שלושת משאבי המקורות שנוצרו בביטול הזיהוי של נתוני DICOM, כתיבה למאגר FHIR וחיפוש משאבי מקורות, ואז ליצור חיפוש בהתאמה אישית. החיפוש המותאם אישית שולח שאילתה ל-relative-x-coordinate-bottom-left באחד ממופעי ה-DICOM שעברו הסרת פרטים מזהים.
מאחסנים את משאבי המקור.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
תוכן בקשת JSON:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand Contentאתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
יצירת משאב SearchParameter בקואורדינטה היחסית x של תמונת ה-DICOM.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
תוכן בקשת JSON:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand Contentאתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
מפעילים את משאב ה-SearchParameter המותאם אישית בחנות ה-FHIR.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
תוכן בקשת JSON:
{ "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
התגובה היא: התשובה מכילה מזהה של פעולה ממושכת. פעולות ממושכות מוחזרות כשקריאות לשיטות עשויות להימשך זמן רב. שימו לב לערך של OPERATION_ID. תצטרכו את הערך הזה בשלב הבא.curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand Contentקבלת הסטטוס של הפעולה.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים
- DATASET_ID: מערך הנתונים שבו פועלת פעולת החיפוש המותאמת אישית
- OPERATION_ID: המזהה של פעולת החיפוש המותאם אישית
כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
מריצים את הפקודה הבאה:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
מריצים את הפקודה הבאה:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
פותחים את דף העזר של ה-method. החלונית של API Explorer תיפתח בצד שמאל של הדף. אפשר להשתמש בכלי הזה כדי לשלוח בקשות. ממלאים את כל שדות החובה ולוחצים על Execute.
אתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
שליחת שאילתה למשאב Provenance באמצעות פרמטר החיפוש של קואורדינטת ה-x היחסית:
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
התגובה מראה שמוחזר מופע DICOM אחד שתואם לשאילתת החיפוש:curl
בדוגמה הבאה נעשה שימוש בשאילתהrelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, שמחפשת קואורדינטת x בטווח של 5% מהקצה של התמונה.מריצים את הפקודה הבאה:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"PowerShell
בדוגמה הבאה נעשה שימוש בשאילתהrelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, שמחפשת קואורדינטת x בטווח של 5% מהקצה של התמונה.מריצים את הפקודה הבאה:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ], "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100021" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00102150" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } } ], "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "meta": { "lastUpdated": "LAST_UPDATED", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
אחסון נתוני דוגמה, יצירת חיפוש FHIR מותאם אישית של DICOM במקור וביצוע שאילתה
לפני שמריצים את הדוגמה הזו, צריך ליצור מערך נתונים של יעד שמכיל מאגר DICOM ריק ומאגר FHIR ריק. מאגר FHIR צריך לעמוד בדרישות.
בדוגמה הבאה מוצג איך אפשר לאחסן את שלושת משאבי המקורות שנוצרו בביטול הזיהוי של נתוני DICOM, כתיבה למאגר FHIR וחיפוש משאבי מקורות, ואז ליצור חיפוש בהתאמה אישית. שאילתות החיפוש המותאמות אישית מחפשות מידע על אחת משתי תמונות DICOM המקוריות.
מאחסנים את משאבי המקור.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
תוכן בקשת JSON:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand Contentאתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
יוצרים משאב SearchParameter בתמונת ה-DICOM של המקור.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
תוכן בקשת JSON:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand Contentאתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
מפעילים את משאב ה-SearchParameter המותאם אישית בחנות ה-FHIR.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
תוכן בקשת JSON:
{ "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] }כדי לשלוח את הבקשה עליכם לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
התגובה היא: התשובה מכילה מזהה של פעולה ממושכת. פעולות ממושכות מוחזרות כשקריאות לשיטות עשויות להימשך זמן רב. שימו לב לערך של OPERATION_ID. תצטרכו את הערך הזה בשלב הבא.curl
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } EOFלאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
שומרים את גוף הבקשה בקובץ בשם
request.json. כדי ליצור או להחליף את הקובץ הזה בספרייה הנוכחית, מריצים את הפקודה הבאה בטרמינל:@' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8לאחר מכן מבצעים את הפקודה הבאה כדי לשלוח את בקשת ה-REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand Contentקבלת הסטטוס של הפעולה.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים
- DATASET_ID: מערך הנתונים שבו פועלת פעולת החיפוש המותאמת אישית
- OPERATION_ID: המזהה של פעולת החיפוש המותאם אישית
כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
curl
מריצים את הפקודה הבאה:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
מריצים את הפקודה הבאה:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
פותחים את דף העזר של ה-method. החלונית של API Explorer תיפתח בצד שמאל של הדף. אפשר להשתמש בכלי הזה כדי לשלוח בקשות. ממלאים את כל שדות החובה ולוחצים על Execute.
אתם אמורים לקבל תגובת JSON שדומה לזו:
שליחת שאילתה למשאב Provenance באמצעות פרמטר חיפוש התמונות של DICOM המקורית.
לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- LOCATION: המיקום של מערך הנתונים הראשי
- DATASET_ID: מערך הנתונים הראשי של מאגר FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: המזהה של מאגר FHIR שמכיל את המטא-נתונים
כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:
התגובה מראה שמוחזר מופע DICOM אחד שתואם לשאילתת החיפוש:curl
בדוגמה הבאה נעשה שימוש בשאילתהlookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, שמחזירה מידע על המופע שמכיל את המחרוזתstudies/1/series/2/instances/4במזהה שלו.מריצים את הפקודה הבאה:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"PowerShell
בדוגמה הבאה נעשה שימוש בשאילתהlookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, שמחזירה מידע על המופע שמכיל את המחרוזתstudies/1/series/2/instances/4במזהה שלו.מריצים את הפקודה הבאה:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/d82007a1-6481-4793-b17c-ae152051ee9f", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00101010" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100020" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } } ], "id": "d82007a1-6481-4793-b17c-ae152051ee9f", "meta": { "lastUpdated": "2022-03-07T20:28:07.970361+00:00", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?lookup-source-instance%3Acontains=studies%2F1%2Fseries%2F2%2Finstances%2F4" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?lookup-source-instance%3Acontains=studies%2F1%2Fseries%2F2%2Finstances%2F4" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?lookup-source-instance%3Acontains=studies%2F1%2Fseries%2F2%2Finstances%2F4" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
ייצוא של המטא-נתונים של הפעולה ממאגר FHIR ושליחת שאילתות לגביהם
בדוגמה הבאה מוצג ייצוא של מטא-נתונים של פעולת הסרת הפרטים המזהים ממאגר FHIR ל-BigQuery, ושאילתה של הנתונים המיוצאים כדי למצוא נתוני PHI שעברו עיבוד באמצעות OCR. הנתונים שנוצרו תואמים רק ל-LOSSLESS או ל-ANALYTICS_V2
SchemaType.
ייצוא המטא-נתונים במאגר FHIR למערך נתונים ב-BigQuery
המטא-נתונים מיוצאים לטבלה בשם
Provenanceבמערך הנתונים שנבחר ב-BigQuery.עוברים לדף BigQuery.
בחלונית Explorer, מבצעים את השלבים הבאים:
- בוחרים את הפרויקט Google Cloud .
- בוחרים את מערך הנתונים ב-BigQuery שאליו ייצאתם את המטא-נתונים של DICOM.
- בוחרים את הטבלה מקורות.
לוחצים על Compose new query.
מריצים את השאילתה הבאה:
SELECT what.identifier.value AS Source, target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination, `left` AS `Left`, `right` AS `Right`, top AS Top, bottom AS Bottom, quote AS Quote, infoType AS InfoType, confidence AS Confidence FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index) LIMIT 10מחליפים את מה שכתוב בשדות הבאים:
- PROJECT_ID: מזהה הפרויקט ב- Google Cloud
- BIGQUERY_DATASET: מערך הנתונים ב-BigQuery שאליו ייצאתם את המטא-נתונים ממאגר ה-FHIR
לוחצים על הפעלה.
תוצאות השאילתה מציגות את המטא-נתונים של נתוני ה-PHI שעברו הסרת פרטים מזהים בפורמט טבלאי. אם לא מציינים טבלת יעד, עבודת השאילתה כותבת את הפלט לטבלה זמנית (במטמון).
מכסה
כתיבת מטא-נתונים של פעולת הסרת פרטים מזהים בחנות FHIR צורכת מכסות של fhir_write_ops בפרויקט שבו נכתבים המטא-נתונים של הפעולה.
נוצר משאב FHIR אחד לכל מופע DICOM, כך שקצב העברת הנתונים של פעולת הסרת הפרטים המזהים לא יכול להיות גבוה יותר מהמכסה שמוקצית ל-FHIR.
חיוב
כל משאב Provenance שנוצר בחנות FHIR של מטא-נתונים של פעולות גורר חיוב על קריאה ל-fhir.update.
אפשר לחשב את מספר הקריאות ל-API של fhir.update כך:
Total number of DICOM instances de-identified + 1.
המאמרים הבאים
- איך מייצאים את משאבי ה-FHIR ל-BigQuery כדי לבדוק ולנתח אותם
- איך מעבירים שינויים במשאבי FHIR ל-BigQuery כדי לסנכרן את הנתונים במאגר FHIR עם מערך נתונים ב-BigQuery כמעט בזמן אמת.